西汉末年，皇亲贵戚等大肆兼并土地，徭役赋税繁重，灾情不断，百姓流离失所。王莽篡位称帝后改革，却加重农民负担，社会矛盾激化，赤眉军在此背景下应运而生。

天凤五年（公元18年），樊崇率领100多名饥民在莒县起义，一年发展到万人，逄安、徐宣、谢禄、杨音等率部与樊崇会合，形成赤眉军初始力量。地皇二年（公元21年），赤眉军在姑幕与王莽军大战，歼灭一万多人。地皇三年（公元22年），赤眉军斩杀太师羲仲景尚，又在成昌大败王莽派出的太师王匡和更始将军廉丹率领的10万军队，之后乘胜转战东海，兵力达30余万人。更始元年（公元23年），绿林军攻克洛阳，建立更始政权，赤眉军领袖樊崇等前往寻求合作遭排斥，后赤眉军拥立刘盆子为帝，定年号“建世”，并于更始三年（公元25年）攻占长安，更始政权灭亡。建武二年（公元26年），长安粮食匮乏，赤眉军前往陇西遭隗嚣军袭击和雪灾，返回关中后再次放弃长安东归，途中与冯异军等交战，建武三年（公元27年），赤眉军投降刘秀，宣告覆亡。

赤眉军内部依靠言辞互相约束，约定杀人者死，伤人者赔偿损伤，没有文书、旌旗、编制、号令等，纪律和命令靠口头传达。职位最高的称三老，其次为从事，再次为卒吏，其他人一般泛称“巨人”。赤眉军首领樊崇，发动起义后领导赤眉军发展壮大，攻入长安，后投降刘秀，不久再次起义被刘秀所杀。赤眉军其余首领结局：逄安：赤眉军领导人之一，任大司马，随赤眉军攻入长安，后投降刘秀，再次起义后被杀。徐宣：原为狱吏，加入赤眉军后任丞相，投降刘秀还乡后病死。谢禄：赤眉军领导人之一，任右大司马，投降刘秀后被刘恭杀害。杨音：任大司农，投降刘秀还乡后病死。刘盆子：西汉远支皇族，被推举为帝，随赤眉军攻入长安，后随樊崇等人投降刘秀。

汉光武帝刘秀认为赤眉军攻破城池遍天下，但未抛弃原来的妻妾；推举皇帝时选择西汉远支皇族刘氏；没有杀刘盆子，此为三善。历史学者赵文润认为赤眉军促进了农民革命发展，消灭部分地主官吏，打击了地主阶级统治。

后人有诗曰：

西汉末年乱如麻，苛政天灾百姓嗟。

樊崇举旗揭竿起，赤眉呼啸绽新芽。

成昌一战威名震，长安三载帝业斜。

兴衰转瞬皆尘土，青史长留壮烈花。